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의학은 궁극적으로 인간의 건강을 증진시켜 더 나은 삶을 살아가도록 하는 것을 그 목표로 하며, 의학교육은 이러한 역할을 수행하는 의료서비스를 제공하는 인력을 양성할 수 없게 되었다. 즉, 새로운 의학교육의 패러다임에 부응할 수 있는 전문적인 기구의 필요성이 제기된 것이다. 이에, 연세대학교 의과대학은 의학교육의 국제적 흐름에 부응하고 질적 향상을 위한 의학교육 관련 전문 기구의 설립을 구체적으로 논의하게 되었다. 의학교육에 관한 한 국내 최초의 개척자인 동시에 가장 긴 역사 속에서 의학교육자를 배출한 최대의 공헌자임에도 불구하고 이 분야에 대한 전문 연구 기구가 없다는 점과, 의학교육에 대한 타 의과대학의 투자와 연구 활동이 활발하여 이 분야에 대한 경쟁의식은 의학교육학과의 설립을 더 한층 가속화시켰다. 연세대학교 의과대학에서 의학교육에 관한 교육, 연구 및 봉사 기능을 담당하는 전문기구의 필요성은 다음과 같이 요약된다.
미래지향적이고 발전적인 의학교육을 위한 전문기구의 필요성에 대한 구성원들의 끊임없는 관심과 주장은 행정 책임자의 강한 의지가 결합되어 1996년 2월에 「의학교육학과」로 정식 기구화 되었다. 연세대학교 의과대학 의학교육학과의 설립 목적은 다음과 같다.